كان المبنى قصر لأحد أثرياء الإسكندرية، تاجر الأخشاب أسعد باسيلي، الذي بنى القصر عام 1928م، وظل مقيم به ومن بعده أسرته حتى عام 1954م، ثم تم بيعه للسفارة الأمريكية وظل مقرًا للقنصلية الأمريكية حتى أشتراه المجلس الأعلى للآثار التابع لوزارة الثقافة عام 1996م، ثم قام بترميمه وتجديده وتحويله إلى متحف عام 2003م.
للقصر قيمة معمارية وفنية فريدة، بناه المهندس السكندري فيكتور إيرلانجرد وهو من أشهر المهندسين في هذه الفترة ذو أصول فرنسية، وقد بنى القصر على الطراز المعماري لعصر النهضة المستمد من طرز العمارة البالادية الأوروبية نسبة إلى المهندس المعماري الإيطالي أندريا بلاديو.
يقع المبنى على مساحة تبلغ 3674 م2. كانت فكرة إنشاء متحف قومي لمدينة الإسكندرية هي الخطوة الأولى في إنشاء المتحف وتحويل ذلك القصر ليكون متحفًا قوميًا لمدينة الإسكندرية.
تم إفتتاح متحف الإسكندرية القومي رسميًا في 31 أغسطس عام 2003م، وتم إفتتاح المتحف للزيارة في 5 أكتوبر من نفس العام.
يعرض المتحف حوالي 1402 قطعة أثرية معروضة في 19 قاعة عرض، ويوجد بعض القطع الأثرية معروضة بالممرات المحيطة بالقاعات وعددهم 7 ممرات.
يتميز سيناريو العرض المتحفي بالمتحف بالتسلسل الزمنى حيث ينقسم المتحف لثلاثة أقسام من الأقدم للأحدث: القسم المصري القديم - القسم اليوناني الروماني – القسم القبطي والإسلامي والحديث. ويتنوع سيناريو العرض داخل الأقسام ما بين تاريخي من الأقدم للأحدث ونوعي طبقًا لنوع المادة المصنوع منها القطع، وموضوعي طبقًا للموضوع كالديانة أو الفن.
من أهم القطع الأثرية المعروضة بمتحف الإسكندرية القومي:
- رأس للملكة حتشبسوت من الحجر الجيري الملون.
- رأس للمك أخناتون من الحجر الرملي.
- تمثال نصفي من الرخام للمعبود سرابيس.
- مجموعة متميزة من العملة من ضمن الآثار الغارقة المنتشلة من خليج هيراكليون، وهي ترجع لمختلف العصور (بطلمي، وروماني، بيزنطي، حديث) من الذهب والفضة والبرونز.
- إيقونة العشاء الأخير تصور السيد المسيح بصحبه تلاميذه.
- شاهد قبر من الرخام للقديس أبو مينا يعود للعصر البيزنطي مصور عليه القديس أبو ميناء بصحبة الجملين.
- الباب الخشبي لبيت المال يعود للعصر العثماني.
- عملة ذهبية تذكارية مصور عليها الملك فاروق والإسكندر الأكبر أصدرت بمناسبة أفتتاح جامعة فاروق الأول 1942م.
